Le géometre, c'est celui qui borne le terrain, et c'est donc celui qui a les informations les plus clairs sur votre parcelle. La différenciation entre zone constructible et non constructible devrait normalement etre notifié sur les plans des différentes parcelles loties (marquage sur plans comme des pointillés) si ce n'est pas fait, la description de votre parcelle doit comporter les metrages a prendre en compte pour la définir sur plan.
Dans tous les cas il y a de fortes chances que ce soit le géometre qui ai raison.
Concernant les impacts de bouger une maison de 30cm (avant VRD), elles devrait etre mineure si cela ne fait pas rentrer une autre partie de la maison dans une autre zone protégée (e.g. Distance minimum sur limite séparative), mais comme vous mentionnez que vous avez un archi, c'est a lui de regler ce "probleme".
Pour le rectificatif sur le permis, je n'en ai aucune idée. J'imagine qu'il y a des marges d'erreurs supportés (comme dans tout le batiment) mais ne sais pas de combien elles sont sur le piquetage de la maison (+ ou - 5% ??)