là c est pas du ressort du certificat de conformité c est le non respects du permis de construire, ce qui est bien plus grave , il suffit qu'un voisin mal intentionné s en rende compte qu il fasse un recours auprés de la dde, et  la deux cas de fiqure ou vous respectez le pc ou vous raser la maison,  mais vous pouvez trés bien faire le mort ne pas de mander le certificat de conformité au quel cas vous ne pourrez pas vendre votre maison, mais vous avez toujours une épée de damocles au dessus de votre tete alors qu avec un peu de jugeotte on peu supprimer ces madriers qui dépassent en fermant par exemple le coin pour faire un poteau d angle

La visite de conformité vérifie que les travaux réalisés sont conformes au permis de construire, si tel est le cas, le certificat de conformité est délivré.
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-        L’administration peut visiter à tous moments les constructions en cours, ce droit peut être exercé pendant les deux années qui suivent la fin des travaux.

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non c est a la suite de l envoie d achevement des travaux que le certificat de conformité sera établi

Pas de panique del46,
Le certificat de conformité vise à vérifier que la construction est conforme au permis de construire. selon les régions et pratiques, tu déposes en mairie la déclaration d'achèvement de travaux ; pour certaines mairies ou DDE, cela engage automatiquement la demande du certificat de conformité ; pour d'autres, il faut en parallèle un courrier demandant la délivrance du CC suite au dépot de la déclaration d'achèvement de travaux.

Sinon, je rejoins l'avis d'olivier. Le certificat de conformité aura surtout une utilité si tu envisages une revente rapide de ton bien ; sinon, il est encore parfois exigé pour un déblocage de solde de prêt (parfois la DAT suffit) mais cette pratique est en régression je crois.
Par ailleurs, d'après ce que tu écris, ton permis a été délivré avec une prescription "diminuer l'aspect chalet"; ça m'a l'air assez vague et sujet à interprétation donc il est peut être toujours possible de discuter avec la personne qui effectuerait le contrôle.

Enfin, si tu le demandes, tu ne l'as pas, pas de panique ; tu peux toujours tenté de faire un permis modificatif pour essayer d'adapter ton permis initial à ton projet ou rectifier directement ta construction comme le suggère AL et ensuite redemander un CC.
Ceci étant, avant de parler de raser une construction, même si c'est suite à un dépôt de plainte de voisin, il s'écoulera pas mal d'eau sous les ponts.
La commune ou DDE saisie de l'éventuelle plainte enquête et dresse le cas échéant procès-verbal lequel est obligatoirement transmis au procureur de la republique qui les instruit à son rythme et selon son appréciation de la gravité des faits ; au total, c'est long et beaucoup d'affaires n'aboutissent pas.

j ai un cas dans ma commune  ou la maison à 25 ans  d existance le certificat n a pas été donné car la maison déborde de 3 cm sur le terrain du voisin (maison de lotissement juxtaposé)   et bien le voisin a déposé plainte et on se dirige vers la démolition de la maison, en question… 25 ans aprés pour un ménage qui n'a qu'un smig pour vivre....  donc méfiance vous tombez sur un voisin "con" et vous vous en sortirez jamais… donc méfiance…  j ai aussi le cas d'une "vedette du show bis," qui a acheté une maison dans notre village , dés qu'elle est arrivé elle a porté plainte contre un hangar qui était là depuis des lustres car les toles étaient rouillées, et bien elle a eu gain de cause le hangar à été rasé ,

vous avez la réponse dans votre question…  faire un modificatif , rectifier la couleur des volets, et la couleur de la porte de garage,  ou attendre 10 ans et encore  il y a un réglement du lotisseur ce qui est autres choses,
une chose que l on ne sait pas toujours repeindre les volets est soumis a une déclaration de travaux, et j'ai vu une fois une personne  qui avait peint ses volets en mauves  avoir une contrevention et passer au tribunal pour cela…

ok mais la banque ne donnera pas le pret si il n y a pas de certificat de conformité, , il est de plus en plus rare de trouver des acheteurs qui ont de quoi acheter une maison  dans leur compte en banque,  donc la négociation ne servira a rien,
le plus simple est d attendre dix ans, de louer la maison,  et puis dans dix ans si personne ne la "ramené" et bien de vendre …